Dans sa résolution du 22 octobre 1998, le Parlement européen souligne l’importance de relancer le débat sur le développement futur de l’Union européenne et affirme que l’avenir politique de l’Union nécessite une réforme institutionnelle qui, en dépit de progrès notables, n’a pas été permise par le traité d’Amsterdam.

Dans sa résolution du 6 mai 1999, le Parlement européen expose ses vues sur la méthode à appliquer lors de la prochaine réforme institutionnelle. Il propose également un calendrier de préparation et de déroulement pour la conférence intergouvernementale à venir.

Les 3 et 4 juin 1999, le Conseil européen de Cologne confirme la nécessité de convoquer une Conférence intergouvernementale (CIG) destinée à résoudre les questions institutionnelles qui n'ont pas été réglées à Amsterdam.

Dans un rapport indépendant sur les implications institutionnelles de l'élargissement, remis le 18 octobre 1999 à la Commission européenne, Richard von Weizsäcker, Jean-Luc Dehaene et David Simon suggèrent de procéder à une réforme complète du système institutionnel de l'Union européenne basée sur une réorganisation des textes des traités.

Résolution du Parlement européen, du 18 novembre 1999, sur la préparation de la réforme des traités et la prochaine Conférence intergouvernementale.

Les 10 et 11 décembre 1999, le Conseil européen d'Helsinki décide notamment de lancer les négociations d'adhésion à l'Union européenne avec la Roumanie, la Slovaquie, la Lettonie, la Lituanie, la Bulgarie et Malte. En établissant qu'au cours des négociations chaque pays candidat sera apprécié selon ses particularités, le Conseil européen réaffirme le principe de différenciation.

Le 26 janvier 2000, à la demande du Conseil et conformément à l'article 48 du traité sur l'Union européenne, la Commission européenne rend un avis sur la réunion de la prochaine conférence intergouvernementale. Cet avis pointe les limites du cadre institutionnel existant et comporte, pour certains thèmes, des projets de modification d’articles des traités.

Le 12 juillet 2000, suite à l'étude de faisabilité d'une réorganisation des traités réalisée par le Centre Robert Schuman de l'Institut universitaire européen (IUE) de Florence, la Commission européenne estime réalisable une telle réorganisation à l'occasion de la Conférence intergouvernementale (CIG).