En réponse à la demande du Conseil européen réuni à Cardiff les 15 et 16 juin 1998, le Conseil "Affaires générales" présente, le 8 décembre 1998, un rapport sur l'état d'avancement des mesures prises pour améliorer les méthodes de travail du Conseil.
Rapport du groupe de travail institué par le secrétaire général du Conseil, Le fonctionnement du Conseil dans la perspective d'une Union élargie, présenté le 10 mars 1999 conformément aux conclusions du Conseil européen de Vienne des 11 et 13 décembre 1998. Le rapport est connu sous l'appellation de "Rapport Trumpf/Piris", des noms respectivement du président et du vice-président du groupe de travail chargé de l'élaborer, Jürgen Trumpf, secrétaire général du Conseil, et Jean-Claude Piris, jurisconsulte du Conseil.
Dans cette interview, Norbert Schwaiger, ancien chef du service de presse du secrétariat général du Conseil de l'Union européenne et ancien membre du groupe de travail chargé d'élaborer le "rapport Trumpf/Piris", commente les principaux points abordés par ce rapport concernant l'amélioration du fonctionnement du Conseil dans la perspective des futurs élargissements.
Cet extrait des conclusions de la présidence du Conseil européen d'Helsinki des 10 et 11 décembre 1999 sur la réforme des méthodes de travail du Conseil en vue de l'élargissement de l'Union comprend l'annexe III Un Conseil efficace pour une Union élargie.
En février 2001, ce document du groupement d'études et de recherches français Notre Europe livre le compte rendu d'un séminaire sur la réforme du Conseil de l'Union européenne, organisé le 4 septembre 2000 à Paris conjointement avec l'association basée à Bruxelles Les amis de l'Europe. Figurent également dans cette étude les recommandations adoptées par le Comité européen d'orientation de Notre Europe, à la suite des travaux du séminaire.
Dans son rapport du 7 mars 2002, Préparer le Conseil à l'élargissement, Javier Solana, secrétaire général du Conseil de l'Union européenne, présente des propositions pour améliorer le fonctionnement du Conseil européen et du Conseil.
Lors de la séance plénière du Parlement européen, le 15 mai 2002 à Strasbourg, Javier Solana, secrétaire général du Conseil et haut représentant pour la politique extérieure et de sécurité commune (PESC), fait une intervention sur la réforme du Conseil. Il expose les principales propositions contenues dans son rapport du 7 mars 2007, concernant le Conseil européen, le Conseil "Affaires générales", la présidence du Conseil et l’activité législative du Conseil.
Cet extrait des conclusions de la présidence du Conseil européen de Séville des 21 et 22 juin 2002 sur la réforme du Conseil comprend l'annexe II sur les Mesures concernant la structure et le fonctionnement du Conseil.
Article sur les changements dans l'organisation et le fonctionnement du Conseil, décidés lors du Conseil européen de Séville en juin 2002 et introduits dans le nouveau règlement intérieur du Conseil en juillet 2002.
Version consolidée de la décision du Conseil, du 22 mars 2004, portant adoption de son règlement intérieur, intégrant les modifications apportées par la décision du Conseil du 11 octobre 2004.
Diffusée le 29 mai 2005, lors de la présidence luxembourgeoise du Conseil de l’Union européenne, cette émission présente les travaux préparatoires du Conseil au sein des groupes de travail et du Coreper avant la prise de décision définitive au niveau des ministres. Elle comprend une interview de Martine Schommer, Représentante permanente du Grand-Duché auprès de l'Union européenne.
Structures et méthodes de travail dans le domaine de la PESC
Les dispositions de l'Acte unique européen concernant la coopération politique européenne (CPE) définissent entre autres les tâches de la présidence et du secrétariat de la CPE ainsi que celles du comité politique.
Le 16 mars 1999, la présidence du Conseil de l'Union européenne adresse une note au Coreper sur les compétences des instances du Conseil dans le domaine de la justice et des affaires intérieures (JAI), dans la perspective de la prochaine entrée en vigueur du traité d'Amsterdam.
Le quotidien français Le Figaro, dans son édition du 20 octobre 1999, relate la volonté du président de la République française de doter l'Union européenne des moyens institutionnels et des capacités militaires nécessaires à une défense européenne autonome.
Structures et méthodes de travail dans le domaine de la PESC
Le 15 novembre 1999, pour la première fois, le Conseil de l'Union européenne réunit les ministres des Affaires étrangères et de la Défense. Le quotidien français Le Monde, dans un article daté du 16 novembre 1999, expose la volonté des ministres de doter l'Union d'une capacité d'intervention dans les crises régionales.
Le 2 décembre 1999, à la veille du Conseil européen d'Helsinki, le quotidien belge Le Soir révèle le contenu d'un document rédigé par les quatre grands États de l'Union européenne (France, Royaume-Uni, Allemagne et Italie) définissant les quatre organes qui devront permettre à l'Union de prendre des décisions en matière de sécurité et de défense et de mener elle-même des opérations militaires: le Conseil Affaires générales, un Comité politique et de sécurité, un Comité militaire et un État-major militaire européens.
Dans une contribution du 30 novembre 2000, le secrétaire général du Conseil/haut représentant pour la politique étrangère et de sécurité commune (PESC) identifie les principaux intervenants dans la gestion des crises dont notamment les différents organes du Conseil. En particulier, il souligne le rôle central du Comité politique et de sécurité (COPS) en tant qu'enceinte de coordination permanente et de direction stratégique.
Le 19 novembre 2001, le Conseil Affaires générales, à l’issue de sa session avec la participation des ministres responsables de la police, approuve une déclaration sur les engagements quantitatifs et qualitatifs que le États membres ont pris en conférence ministérielle dans le but de renforcer la capacité de police de l’Union européenne pour les opérations de gestion de crises.
Le 23 mai 2005, le Général Rolando Mosca Moschini, président du Comité militaire de l'Union européenne (CMUE) (à g.), et le Général Jean-Paul Perruche, Directeur général de l'État-major de l'Union européenne (EMUE), participent à une réunion du Conseil Affaires générales et relations extérieures (CAGRE) consacrée à la politique européenne de sécurité et de défense (PESD).
Le 17 janvier 2007, le quotidien français Le Figaro publie un article sur le général Henri Bentégeat, ancien chef d'état-major des armées françaises et président du comité militaire de l'Union européenne (CMUE) depuis le 6 novembre 2006.
Structures et méthodes de travail dans le domaine de la JAI
Par cette action commune du 5 décembre 1997, le Conseil instaure un mécanisme d'évaluation de la mise en œuvre, par les États membres, des instruments adoptés dans le cadre de l'Union européenne et au niveau international en vue de lutter contre la criminalité organisée.
Dans une note adressée le 24 juin 1998 au comité K.4, la future présidence autrichienne du Conseil de l'Union européenne examine les conséquences que comporte, sur les structures de travail du Conseil, la communautarisation partielle du domaine de la justice et des affaires intérieures (JAI) résultant de l’entrée en vigueur du traité d’Amsterdam.
Dans une note du 21 janvier 2002, le secrétariat général du Conseil examine les méthodes de travail au sein du Conseil dans le domaine de la justice et des affaires intérieures (JAI) en dehors du travail législatif. Il analyse notamment l'utilité des rapports et des évaluations préparés en général par le secrétariat général et adoptés en principe au niveau du Comité de l'article 36.