Le 14 février 2000, le Conseil décide, pendant une période intérimaire, de détacher auprès de son secrétariat général des experts nationaux dans le domaine militaire. Ces experts sont chargés de fournir des avis militaires à l'organe militaire intérimaire et au secrétaire général/haut représentant de la politique étrangère et de sécurité commune (PESC).

Suite au Conseil européen de Santa Maria da Feira des 19 et 20 juin 2000, le secrétariat général du Conseil adopte, en vue de la mise en place de structures politico-militaires permanentes liées à la politique européenne de sécurité et de défense (PESD), une série de mesures concernant notamment la sécurité physique et informatique, les travaux d'aménagement d'un nouveau bâtiment et la planification des besoins en personnel.

La décision 2001/80/PESC du Conseil, du 22 janvier 2001, institue l'État-major de l'Union européenne (EMUE). Ce dernier est constitué des militaires détachés des États membres auprès du secrétariat général du Conseil de l'Union européenne.

Aperçu de l'organisation de l'État-major de l'Union européenne (EMUE), tel que présenté dans la décision du Conseil, du 22 janvier 2001, instituant l'État-major de l'Union européenne.

Allocution de Javier Solana, haut représentant pour la politique étrangère et de sécurité commune (PESC) de l'UE, prononcée devant le groupe de travail sur l'action extérieure de la Convention, le 15 octobre 2002. Dans son intervention, il explique en quoi consiste sa mission, fait part des enseignements tirés de son expérience et formule des propositions pour une politique étrangère plus efficace.

Dans un entretien accordé au quotidien français Le Monde et paru dans son édition du 29 mars 2003, Javier Solana, secrétaire général du Conseil de l’Union européenne, précise le rôle qui lui échoit en tant que haut représentant pour la politique étrangère et de sécurité commune (PESC) dans la gestion des crises internationales et souligne la responsabilité première des États membres de l’Union dans la recherche d’une position commune tant que la compétence en matière de politique étrangère reste de leur ressort.

Paru le 17 octobre 2006 dans le quotidien allemand Frankfurter Allgemeine Zeitung, l’article rend hommage au parcours de Javier Solana comme haut représentant pour la PESC et commente les spéculations sur sa future succession.

La décision 2005/395/PESC du Conseil du 10 mai 2005 modifie le mandat et l'organisation de l'État-major de l'Union européenne (EMUE), institué au sein des structures du Conseil par la décision 2001/80/PESC.

Aperçu de l'organisation de l'État-major de l'Union européenne (EMUE), tel que présenté dans la décision du Conseil du 10 mai 2005 modifiant la décision instituant l’État-major de l’Union européenne.

Organigramme de l'État-major de l'Union européenne (EMUE) en 2006.

Brochure sur le rôle, les tâches et l’organisation de l'État-major de l'Union européenne (EMUE).

Le 23 mai 2005, Javier Solana, secrétaire général du Conseil/haut représentant pour la politique étrangère et de sécurité commune (PESC) (à g.), et Pieter Cornelis Feith, Directeur général adjoint pour les questions politico-militaires au sein de la Direction générale E, Relations extérieures, au secrétariat général du Conseil, participent à une réunion du Conseil Affaires générales et relations extérieures (CAGRE) consacrée à la politique européenne de sécurité et de défense (PESD).

Suite aux attentats terroristes perpétrés à Madrid le 11 mars 2004, le Conseil européen adopte à Bruxelles le 25 mars la Déclaration sur la lutte contre le terrorisme. À cette occasion, il approuve la création du poste de coordinateur le la lutte contre le terrorisme au sein du secrétariat du Conseil et salue la décision de Javier Solana de nommer Gijs de Vries premier coordinateur.

Le 30 mars 2004, Javier Solana, secrétaire général du Conseil de l'Union européenne et haut représentant pour la politique étrangère et de sécurité commune (PESC), présente à la presse le Néerlandais Gijs de Vries, ancien secrétaire d´État à l'Intérieur, chargé de coordonner l'action antiterroriste des États membres et d'assurer le suivi des engagements pris par les capitales européennes après les attentats terroristes du 11 mars à Madrid.

Dans une interview accordée en automne 2005 à la Revue de l'OTAN, Gijs de Vries, coordinateur de la lutte antiterroriste au sein du secrétariat général du Conseil de l'Union européenne, explique la nature de son rôle de coordination des politiques nationales en matière de lutte antiterroriste et insiste tant sur le fait que la compétence dans ce domaine incombe en premier lieu aux gouvernements des États membres que sur le besoin de coopération internationale.

Avant de quitter son poste de coordinateur de la lutte antiterroriste au sein du secrétariat général du Conseil de l'Union européenne, Gijs de Vries souligne, dans une interview parue dans le journal français Le Monde le 17 février 2007, l'importance du respect des lois dans la lutte antiterroriste et la nécessité de réétudier les mécanismes de prise de décision au sein du Conseil pour plus d'efficacité.

Gijs de Vries (Pays-Bas), coordinateur de la lutte contre le terrorisme de l'Union européenne de 2004 à 2007.

Gilles de Kerchove d'Ousselghem (Belgique), coordinateur de la lutte contre le terrorisme de l'Union européenne depuis le 19 septembre 2007.

Dans cet extrait d’interview, Philippe de Schoutheete, représentant permanent de la Belgique auprès de l’Union européenne de 1987 à 1997, évalue le statut de haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité qui, suite au traité de Lisbonne, cumule les fonctions de président permanent du Conseil « Affaires étrangères » et celles de vice-président de la Commission européenne.

Dans cet extrait d’interview, Jacques Delors, président de la Commission des Communautés européennes de 1985 à 1995, évoque le nouveau rôle que devra jouer le haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité suite à la réforme du traité de Lisbonne, ainsi que la création du service européen pour l’action extérieure.