À la suite du «non» français et néerlandais à la Constitution européenne, les chefs d’État et de gouvernement appellent à une «période de réflexion», qui doit permettre l’organisation d’un vaste débat dans chaque État membre. Le 13 octobre 2005, la Commission propose sa contribution à la période de réflexion: le «Plan D comme Démocratie, Dialogue et Débat». Ce plan a pour but de favoriser le vaste débat sur la relation entre les institutions démocratiques de l’Union européenne et ses citoyens.

Dans sa résolution du 24 novembre 2006, le Parlement européen souligne l’importance d'utiliser la période de réflexion pour relancer le projet constitutionnel dans le cadre d'un large débat public sur l'avenir de l'intégration européenne. Il propose, en outre, la tenue de «forums parlementaires» pour encourager le débat et formuler les conclusions politiques nécessaires à la résolution de la crise dans laquelle l’Union est plongée.

À l’initiative de la présidence autrichienne, la conférence «The Sound of Europe» qui s'est tenue à Salzbourg, les 27 et 28 janvier 2006, aborde des questions fondamentales sur l'avenir de l’Europe tel que recommandé par le Conseil européen de juin 2005 dans le cadre de la phase de réflexion et de discussion.

Rapport de la présidence et du Secrétariat général du Conseil, du 24 mai 2006, sur les actions d'information et de communication menées par les États membres au cours de la période de réflexion prescrite par la déclaration faite par les chefs d'État ou de gouvernement lors du Conseil européen de juin 2005.

Dans sa résolution du 14 juin 2006, le Parlement européen invite le Conseil européen à passer de la période de réflexion à une période d'analyse afin d’obtenir pour le second semestre de 2007 une proposition claire sur la marche à suivre en ce qui concerne le traité constitutionnel.

Lors du Conseil européen des 15 et 16 juin 2006, les chefs d'État ou de gouvernement de l'Union européenne décident de prolonger la phase de réflexion sur le futur du traité constitutionnel. L'objectif est de parvenir, au second semestre 2008, à une décision finale sur l'avenir institutionnel de l'Union.

Discours prononcé par Angela Merkel, chancelière de la République fédérale d’Allemagne, le 17 janvier 2007, devant le Parlement européen à Strasbourg. Dans son discours, la chancelière expose les grandes priorités des travaux de la présidence allemande et plus particulièrement la question de l’avenir du traité constitutionnel.

Le 14 mars 2007, à l’occasion du cinquantième anniversaire de la signature des traités de Rome et dans une Union européenne en crise, le Comité économique et social européen affirme sa résolution à apporter sa contribution pour faire naître l'impulsion qui redonnera au processus d'intégration européenne une nouvelle dynamique.

Le 25 mars 2007, la chancelière allemande Angela Merkel, présidente en exercice de l'Union européenne, et les présidents de la Commission et du Parlement européens José Manuel Barroso et Hans-Gert Pöttering signent la «Déclaration de Berlin». Cette déclaration ouvre officiellement la renégociation d’un nouveau traité et fixe l’année 2009 comme objectif à son entrée en vigueur.

Rapport du 22 mai 2007, élaboré par la commission des affaires constitutionnelles, sur la poursuite du processus constitutionnel de l’Union. Dans ce rapport, le Parlement européen réaffirme son engagement à parvenir à un aboutissement du processus constitutionnel en cours dans l’Union européenne, qui se fonde sur le contenu du traité constitutionnel, le cas échéant sous une présentation différente, mais qui tienne compte des difficultés apparues dans certains États membres.

Dans sa résolution adoptée le 30 mai 2007, le Comité économique et social européen réaffirme son appui au traité constitutionnel. Par ailleurs, le Comité affirme son intention d'accompagner le processus de négociation du nouveau traité en contribuant à faire entendre la voix de la société civile.

Dans son avis du 6 juin 2007, le Comité des régions invite les chefs d'État et de gouvernement lors du Conseil européen des 21 et 22 juin 2007 à s'engager en vue de l'aboutissement rapide du processus de réforme des traités sans revenir sur les acquis obtenus par et pour les collectivités territoriales.

Suite à la demande formulée par le Conseil européen lors de sa session de juin 2006, la présidence allemande présente, le 14 juin 2007, aux délégations du Conseil de l’Union européenne, son rapport sur la poursuite du processus de réforme des traités. Ce rapport a vocation à servir de base pour parvenir à un accord sur la voie à suivre lors du Conseil européen des 21 et 22 juin 2007.

Tenant compte de la position de la République tchèque, les chefs d'État et de gouvernement, réunis à Bruxelles les 29 et 30 octobre 2009, sont convenus d'annexer, lors de la conclusion du prochain traité d'adhésion, le «protocole sur l'application de la charte des droits fondamentaux de l'Union européenne à la République tchèque». Ce protocole accorde à la République tchèque les mêmes garanties qu'à la Pologne et au Royaume-Uni en ce qui concerne la charte des droits fondamentaux de l'Union européenne.

Le 4 mai 2012, la Commission européenne émet un avis favorable en ce qui concerne un projet de décision du Conseil européen favorable à l’examen de la modification proposée des traités pour ce qui est de l’adjonction d’un protocole sur l’application de la Charte des droits fondamentaux de l’Union européenne à la République tchèque.

Dans sa recommandation du 24 septembre 2012, le Parlement européen approuve la proposition du Conseil européen de ne pas convoquer de Convention visant à adjoindre au traité sur l'Union européenne et au traité sur le fonctionnement de l'Union européenne un protocole sur l'application de la Charte des droits fondamentaux de l'Union européenne à la République tchèque.

Dans ce rapport du 15 mai 2013, le Parlement européen donne son avis sur le projet de protocole sur l'application de la Charte des droits fondamentaux de l'Union européenne à la République tchèque.

Décision du Parlement européen, du 22 mai 2013, sur la proposition du Conseil européen de ne pas convoquer de Convention pour adjoindre au traité sur l'Union européenne et au traité sur le fonctionnement de l'Union européenne un protocole sur l'application de la charte des droits fondamentaux de l'Union européenne à la République tchèque.

Décision du Conseil européen, du 18 juin 2013, concernant l'examen par une conférence des représentants des gouvernements des États membres de la modification des traités proposés par le gouvernement tchèque sous la forme d'un protocole sur l'application de la Charte des droits fondamentaux de l'Union européenne à la République tchèque, qui sera annexé au traité sur l'Union européenne et au traité sur le fonctionnement de l'Union européenne.