Le programme de recherche en EIS se définit autour de quatre domaines prioritaires correspondant aux acteurs principaux de la construction européenne:
- Les organisations européennes;
- Les États européens et la construction européenne;
- Les personnalités européennes;
- Les idées, valeurs, identités.
Un cinquième domaine a trait aux acteurs collectifs non gouvernementaux.
Ces domaines encadrent également les activités de valorisation, en particulier celles destinées à l’enseignement et au lifelong learning.
1. Les organisations européennes
Les organisations internationales agissant au niveau européen sont les acteurs de premier plan de la construction européenne. Cet axe vise à étudier le rôle des principales organisations internationales à vocation européenne nées en Europe occidentale à la fin de la Deuxième Guerre mondiale, dont l’Union européenne, l’Union de l'Europe occidentale, le Conseil de l’Europe et l’Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe. L’approche est principalement d’ordre institutionnel, politique et juridique, tout en s’inscrivant dans une perspective historique. Il s’agit d’une approche multiple qui favorise également les recherches comparatives sur la construction européenne. Parmi ces organisations, une attention particulière justifiée par sa nature unique est portée sur l’Union européenne qui, avec le traité de Lisbonne, se retrouve à un tournant de son histoire.
2. Les États européens et la construction européenne
Cet axe vise à analyser l’ensemble des interactions qui s’établissent entre un État européen et une organisation européenne, d’une part les apports spécifiques de l’État en question, et d’autre part l’influence de l’appartenance à une organisation sur les structures internes de cet État. C’est la question de l’européanisation des États, à savoir l’adaptation de leurs structures institutionnelles (polity), de leurs politiques publiques (policy) et de leur système politique (politics). Cet axe permet notamment d’analyser et de comparer la politique européenne des différents États membres de l’Union européenne.
3. Les personnalités européennes
La construction européenne n’est pas seulement le fait des États, des organisations ou des institutions. Des personnalités y ont aussi joué un rôle important. Cet axe vise ainsi à étudier la contribution de différentes personnalités à la construction européenne, leur parcours et leur pensée européens. Des personnes sont généralement à l’origine des grands tournants du processus d’intégration et de coopération européennes. La contribution de ces personnalités sert à enrichir l’étude avec une multiplicité de points de vue et d’opinions divergentes et complémentaires, ce qui permet in fine d’affiner et de contraster les résultats des recherches. Le projet d’histoire orale, qui recueille les témoignages d’acteurs et observateurs de la construction européenne, contribue largement au développement de cet axe de recherche.
4. Les idées, valeurs, identités
Ce domaine permet d’étudier la dimension immatérielle du processus de la construction européenne. Au départ, ce sont des idées et des valeurs qui sont à la base des réalisations de la construction européenne. Le sentiment d’identité aussi, bien qu’il puisse aussi être la conséquence de ces réalisations.